Что можно сделать
Анализ NGS данных

  • Анализ данных экзома / панели

  • Анализ полногеномных данных

  • Анализ дифференциальной экспрессии генов

GWAS

  • Выявление связей между вариантами генов и фенотипическими проявлениями на основе статистического анализа, определяющего значимость различия того или иного снипа (SNP) между группами больных и здоровых людей

Геномика

  • структурная геномика - исследование структуры геномов, наличия модификаций, взаимодействий с белками

  • функциональная геномика - реализация генетической информации

Биостатистика

  • Обработка табличных данных любой сложности с целью выявления закономерностей между изучаемыми биологическими совокупностями

Аналитика / Data Science

  • Статистический анализ данных с использованием языка R

  • Статистический анализ данных с использованием библиотек языка Python (Pandas, Numpy, Scipy)

  • Построение статистических отчетов с помощью библиотек Python (Matplotlib, Seaborn, Plotly)

  • Использование алгоритмов машинного обучения на Python (Scikit-learn)

  • Применение Pytorch для работы с нейросетями

Программирование

  • Веб-разработка на Django (Python)

  • Верстка сайтов с макетов PSD, Figma, AI

  • Написание скриптов на R, Python

Образование
„Диплом учебного заведения — документ, удостоверяющий, что у тебя был шанс чему-нибудь научиться.“
Янина Ипохорская
Опыт работы
„В жизни нет ничего лучше собственного опыта.“
Вальтер Скотт
Институту Цитологии и Генетики СО РАН
2004-2008 Лаборатория теоретической генетики лаборант-исследователь
ГНЦ Вирусологии и Биотехнологии “Вектор”
2009-2015 Отдел ретровирусов старший научный сотрудник
НМИЦ ДГОИ им. Д. Рогачева
2016-2018 Лаборатория цитогенетики и молекулярной генетики научный сотрудник
Центральный НИИ Эпидемиологии Роспротребнадзора
2018-2021, 2023-2024 Лаборатория диагностики и молекулярной эпидемиологии ВИЧ биоинформатик
НИУ Высшая школа экономики
2021-2022 Международная лаборатория биоинформатики научный сотрудник
Научные публикации
  1. GATA1 mutation analysis and molecular landscapecharacterization in acute myeloid leukemia with trisomy 21 in pediatricpatients.
    Panferova A, Gaskova M, Nikitin E, Baryshev P, Timofeeva N, Kazakova A, Matveev V, Mikhailova E, Popov A, Kalinina I, Hachatrian L, Maschan A, Maschan M, Novichkova G, Olshanskaya Y
    Int J Lab Hematol. 2021 Aug;43(4):713-723. doi: 10.1111/ijlh.13451.Epub 2021 Jan 2. PMID: 33386779..
  2. Genetic Features of HIV-1 Integrase Sub-Subtype A6 Predominant in Russia and Predicted Susceptibility to INSTIs.
    Kirichenko A, Lapovok I, Baryshev P, van de Vijver DAMC, van Kampen JJA, Boucher CAB, Paraskevis D, Kireev D
    Viruses. 2020 Jul 31;12(8):838. doi: 10.3390/v12080838. PMID: 32752001; PMCID:PMC7472261.
  3. Molecular Epidemiology of HIV-1 Subtype G in the RussianFederation.
    Murzakova A, Kireev D, Baryshev P, Lopatukhin A, Serova E, Shemshura A, Saukhat S, Kolpakov D, Matuzkova A, Suladze A, Nosik M, Eremin V, Shipulin G, Pokrovsky V
    Viruses. 2019 Apr 16;11(4):348. doi: 10.3390/v11040348. PMID:30995717; PMCID: PMC6521041.
  4. A case of pediatric acute myeloid leukemia with t(11;16)(q23;q24) leading to a novel KMT2A-USP10 fusion gene.
    Zerkalenkova E, Lebedeva S, Kazakova A, Baryshev P, Meyer C, Marschalek R, Novichkova G, Maschan M, Maschan A, Olshanskaya Y
    Genes Chromosomes Cancer. 2018 Oct;57(10):522-524. doi: 10.1002/gcc.22646.Epub 2018 Aug 14. PMID: 30107050.
  5. Molecular characteristicof acute leukemias with t(16;21)/FUS-ERG.
    Zerkalenkova E, Panferova A, Kazakova A, Baryshev P, Shelihova M, Kalinina I, Novichkova G, Maschan M, Maschan A, Olshanskaya Y
    Ann Hematol. 2018 Jun;97(6):977-988.doi: 10.1007/s00277-018-3267-z. Epub 2018 Feb 9. PMID: 29427188.
  6. A rapidexpansion of HIV-1 CRF63_02A1 among newly diagnosed HIV-infected individuals inthe Tomsk Region, Russia.
    Gashnikova NM, Bogachev V, Baryshev P, Totmenin AV, Gashnikova MP, Kazachinskaya AG, Ismailova TN, Stepanova SA, Chernov AS, Mikheev VN
    AIDS Res Hum Retroviruses. 2015 Apr;31(4):456-60. doi:10.1089/AID.2014.0375. Epub 2015 Mar 19. PMID: 25738513.
  7. HIV-1 genetic diversity in Russia:CRF63_02A1, a new HIV type 1 genetic variant spreading in Siberia. AIDS Res HumRetroviruses.
    Baryshev P, Bogachev V, Gashnikova NM
    2014 Jun;30(6):592-7. doi: 10.1089/aid.2013.0196. Epub 2014 Feb 6.PMID: 24279614; PMCID: PMC4046202.
  8. Genetic characterization of anisolate of HIV type 1 AG recombinant form circulating in Siberia, Russia.
    Baryshev P, Bogachev V, Gashnikova NM
    ArchVirol. 2012 Dec;157(12):2335-41. doi: 10.1007/s00705-012-1442-4. Epub 2012 Aug19. PMID: 22903393; PMCID: PMC3506197.
  9. Prevalence of mutations responsible for resistance toantiretroviral preparations among HIV-1 variants circulating in Novosibirskregion.
    Gashnikova NM, Bogachev V, Baryshev P, Meshcheriakova IuV, Savochkina EN, Chernousova N
    Zh Mikrobiol Epidemiol Immunobiol. 2012 Nov-Dec;(6):56-60. Russian.PMID: 23297633.
  10. Study of biological properties of HIV-1variants resistant to antiretroviral preparations.
    Nikonorova IV, Unagaeva NV, Bogachev V, Baryshev P, Meshcheriakova IuV, Chernousova N, Gashnikova NM
    Zh Mikrobiol EpidemiolImmunobiol. 2012 Nov-Dec;(6):52-6. Russian. PMID: 23297632.
  11. Molecular-genetic characteristic of HIV-1 A and B subtypesvariants isolated in Novosibirsk region.
    Bogachev V, Totmenin AV, Baryshev P, Meshcheriakova IuV, Chernousova N, Gashnikova NM
    Zh Mikrobiol Epidemiol Immunobiol.2012 Nov-Dec;(6):45-52. Russian. PMID: 23297631.
  12. Properties of CRF02_AG HIV-1 isolates circulating in Novosibirsk region.
    Gashnikova NM, Safronov PF, Nikonorova IV, Unagaeva NV, Lapteva TA, Bogachev V, Baryshev P, Totmenin AV, Bukin EK, Bocharov EF, Chernousova N, Stavskiy EA
    Zh Mikrobiol Epidemiol Immunobiol. 2011 May-Jun;(3):38-43. Russian. PMID:21809643.